Lot писав:При предоставлении услуг мы берем на себя налоговые обязательства
Судя по этому заявлению вы являетесь плательщиком НДС.
Lot писав:Материалы, купленные за счет бюджетних средств оприходуются с НДС
На каком позвольте спросить основании? Согласно п.9 Положения № 947 по учету запасов в бюджетных учреждения
Суми податку на додану вартість, які сплачуються при отриманні (купівлі) запасів, відносяться на фактичні видатки установи за кодом економічної класифікації видатків бюджету, що призначений для придбання цих матеріальних цінностей, або відносяться до податкового кредиту (якщо це передбачено законодавством).
Даже если предположить, что вы не являетесь бюджетным предприятием, согласно п.9 П(С)БУ 9
9. Первоначальной стоимостью запасов, приобретенных за плату, является себестоимость запасов, состоящая из следующих фактических расходов:
сумм, уплачиваемых согласно договору поставщику (продавцу), за вычетом непрямых налогов;
НДС является косвенным налогом, а значит не является прямым.