Саме тут автоматично обробляються всі дані податкових звітів та декларацій, документів, пов’язаних зі здійсненням зовнішньоекономічної діяльності, інших джерел, які дають змогу вчасно та з високою ймовірністю виявити прояви неофіційної економічної діяльності, простежити рух товару від кордону до кінцевого споживача, рух фіктивного податкового кредиту — від «виробника» до «замовника». Система з виявлення ризиків повністю автоматизована і виключає людський фактор, а отже, і будь-які корупційні прояви.
Моніторингова система виділяє серед зареєстрованих підприємств менше 1% «ризикових». Тобто лише одне підприємство із сотні потрапляє до фахівців на додаткове аналітичне опрацювання. Після цього підприємству пропонується добровільно довести чистоту своїх операцій. Якщо ні — тоді вже починають працювати фахівці інших підрозділів Міністерства. За підсумками роботи центру надходження ПДВ зросли в середньому в 1,5 разу порівняно з минулим роком.
Моніторинговий центр зоновано за функціональною складовою. Він складається з аналітичної, сервісної та інтерактивної зон, зон моніторингу, «24/7» та «callback».